François Denis, gravement blessé, se révèle catastrophique. Plusieurs joueurs majeurs de l’effectif quittent la capitale bretonne, au premier rang desquels l’attaquant camerounais François Omam-Biyik, mais aussi Patrick Delamontagne qui met un terme à sa carrière professionnelle et rejoint les Voltigeurs de Châteaubriant. Créé en 1901, le Stade rennais ne se dote pas, dans ses premières années, d’un entraîneur pour diriger les joueurs en match et lors des entraînements. Les joueurs nés en 2005 et 2006 sont également susceptibles de jouer en championnat national U19 ans, et ceux de 2007 en championnat national U17. Sous la direction de Patrick Rampillon, qui en est le directeur de 1987 à 2014, le centre de formation connaît plusieurs succès sportifs, remportant des titres de champion de France dans certaines catégories, mais aussi deux nouvelles coupes Gambardella, en 2003 et 2008. Il se hisse également de 2006 à 2011 à la première place du classement des centres de formation français, classement établi annuellement par la direction technique nationale.
Redescendu une nouvelle fois en D2, le Stade rennais ne se contraint cependant pas à un remodelage complet de son effectif et de son staff technique. Angers subit le même sort en huitièmes, mais le Stade rennais est éliminé en quarts face au futur vainqueur, l’Olympique de Marseille. Le début de saison, malgré deux victoires inaugurales, ne permet pas au Stade rennais de s’installer dans le trio de tête, handicapé par deux défaites à domicile contre Rouen (1 – 2) puis Angers (0 – 1). À partir d’octobre, le club breton ne perd plus, et remonte peu à peu jusqu’à atteindre la première place à la mi-janvier. Ceux-ci ont échoué par deux fois en barrages en 1990 et 1991, et viennent tour à tour d’éliminer Le Mans et Angers. La saison 1990-1991 du Stade rennais football club débute le 21 juillet 1990 avec la première journée du Championnat de France de Division 1, pour se terminer le 24 mai 1991 avec la dernière journée de cette même compétition. Pour leur seconde participation à une compétition européenne, les Bretons affrontent le club écossais des Glasgow Rangers. Les Bretons avaient besoin d’une réussite collective pour se décomplexer.
Auparavant, les « Rouge et Noir » avaient également vécu un beau parcours en Coupe de France. En 1973, la formation rennaise retrouve le devant de la scène avec un parcours victorieux en Coupe Gambardella. On retiendra aussi le beau parcours en Coupe de France, qui voit les Rennais échouer en demi-finales. Désormais, « Pinault Printemps » s’affichera sur les maillots rennais. Grâce à ce résultat, combiné avec une défaite cannoise à Marseille, les Rennais passent devant les Azuréens au classement. S’avance alors l’AS Cannes, vainqueur du FC Rouen (2 – 1), pour une revanche de la saison précédente : c’est en effet le Stade rennais qui avait précipité la relégation des Azuréens grâce à un but de dernière minute de Laurent Huard. La saison commence bien mal pour les Rennais, qui concèdent quatre défaites de rang et sombrent immédiatement dans la zone de relégation. Après la remontée arrachée en fin de saison 1989-1990, le Stade rennais retrouve pour la énième fois la Division 1, quittée trois ans plus tôt, avec la ferme intention de s’y maintenir. En poste durant huit ans au Stade rennais, Prouff n’obtient pas que des succès durant cette période.
Bridier (que le buteur néerlandais aura également poussé vers la sortie, évoluant au même poste) ou Joël Cantona. Kaiser est le premier buteur rennais de l’ère professionnelle. Le buteur néerlandais, arrivé en cours de saison précédente, démontre encore son efficacité avec 29 buts inscrits. Mais, ne renouvelant pas sa performance de 1985, le SRFC doit s’incliner et se résoudre donc à demeurer une saison supplémentaire en D2. 13 septembre 1985, faisant voler en éclats la défense du SC Abbeville et mettant fin à une série de 52 matchs consécutifs sans victoire loin de la route de Lorient. Une ossature déjà dégagée, le recrutement est limité mais de qualité. L’expérimenté Vasseur et les Africains Farh et Musisi complètent le recrutement. Quelques mois plus tard, le départ de Daniel Rodighiero est compensé par l’arrivée du Lyonnais André Guy, qui ne tarde pas à se mettre en évidence, essentiellement en Coupe de France où le SRUC réalise une nouvelle fois un excellent parcours. En 2009, le Stade rennais atteint une nouvelle fois la finale de la Coupe de France.
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